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建行短信服务费的扣除方式如下。
1、用户的短信服务费将直接从建设银行的账户中扣除，该费用是包月收费模式，每月固定时间收取一次，具体的扣费金额，因签约短信提醒服务的不同而有所不同，账户余额变动的短信提醒服务费用为每月3元，而信用卡还款交易金额的短信提醒服务则是免费的。
2、如果用户已经签订了短信服务合同，那么建设银行将从用户绑定的银行卡账户中扣除相应的费用，具体的扣费金额和扣费时间取决于用户办理的具体业务类型，如果用户不再需要短信服务，可以通过柜台、电话客服或网上银行取消该服务，取消后，银行将不再扣除相应的费用。
具体的扣费方式和时间可能会因业务类型、地区等因素而有所不同，如有疑问，建议直接联系建设银行客服进行确认和了解详情。